Po namierzeniu Głównego Bakurdzenia Dan i Wynton spotykają starego wroga. Później pułkownik Tripp przejmuje kontrolę nad umysłem Wyntona i doprowadza do wojny bakuganów.
W czasie misji w Brakistanie Ekstra Ekipa odkrywa, że pałac – a wraz z nim lord Brakken – są jeszcze dziwniejsze niż dotąd. Przyjaciele muszą się wydostać z potrzasku.
Podczas następnej misji członkowie Ekstra Ekipy mierzą się z zaskakującym przeciwnikiem. Później jedna rozmowa zmienia wszystko, co wiedzą o Głównych Rdzeniach.
Gdy dzieci na świecie tracą swoje bakugany, Ekstra Ekipa musi działać, by wszystko odkręcić. Później konfrontacja z pułkownikiem Trippem przytłacza Wyntona.
Lia poznaje rywalkę, Chinę Riot, i startuje w niespodziewanych zawodach. Ekstra Ekipa odwiedza ojca Shuna i dokonuje odkrycia w kwestii Głównych Rdzeni.
Tiko szykuje się do ataku na swój największy cel, a Shuna odwiedza członek rodziny. U boku Ekstra Ekipy stają nieoczekiwani sojusznicy, aby bronić planety.
W czasie epickiego starcia z Ekstra Ekipą Tiko wyjawia swoją prawdziwą postać. Podczas ostatecznej walki Dan ma nadzieję, że ich plan awaryjny ocali świat.