Roger está cansado de su hogar en el drenaje, así que pide ayuda de los pingüinos para mudarse a otro lugar. El lago, el museo, hasta lo usan como gárgola, pero nada funcionaba. Intentaron esconderlo en un lugar que parecía ser inhabitable, pero era un lugar de actuación. Se llamó a «control de animales», y llevaron a Roger al zoológico, su nuevo hogar.
Kowalski inventa el Pesca Churro : una máquina que combinan los pescados y los churros asta que descubren que los desechos terminan siendo burbujas azules que cambian el clima y podrían destruir el mundo, entonces estos tienen que dejar de utilizar la máquina y destruir la Gran Burbuja Azul Pero Skipper es adicto a los Pesca Churros.
Una avestruz llamada Shelly se enamora de Rico después de que la salvara pero cuando ella se entera de que ya tiene una chica (Señorita Perky) ella se quiere deshacer de ella.
Marlene quiere ir a ver a su guitarrista Español Favorito pero no puede ir ya que si sale del zoológico se hace salvaje pero Kowalski inventa una máquina que la divide en sus dos lados por lo que hace miedosa a Marlene.
Despues de uno de los ataques de hanz, los pingüinos salvan a una zarigueya que los empieza a mimar como sus hijos y a ablandarlos, además de que cada vez que tratan de desobedecerla o echarla agoniza, aunque solo finge.
Skipper decide premiar a Cabo por su valiente esfuerzo en las misiones y lo llevan a ver "Lunacornios sobre Hielo" junto con otros dos fans de los lunacornios, ¡Bing y Roy!
Un perro callejero llamado Elmer confunde a Mort con un juguete y se lo lleva. Skipper, Kowalski y Rico piden ayuda a Max para recuperar a Mort, mientras Cabo se queda con Maurice y Julien y se asegura de que ambos se lleven bien.
Skipper ofrece una recompensa a aquel de su equipo que pueda conseguirle un arenque ahumado de la pescadería, lugar donde resulta que el Oficial X tiene su nuevo empleo.
Los pingüinos llevan sus misiones en su hábitat en el Parque Central. Aparecen Julien, el rey de los lémures, y sus súbditos Maurice y Mort, sus nuevos vecinos, que constituyen la exhibición de lémures en el zoológico. Ahora los pingüinos deben mantener las cosas bajo control, a menudo a pesar de las payasadas de los lémures así como auxiliar en labores poco comunes o aventuras fuera de lo común. Skipper rara vez llama al Rey Julien por su nombre, dirigiéndose a él siempre como "Cola anillada" (por ser un lemur de cola anillada).